Miután a Lengyel család Szapolyai Jánoshoz húzott, l. Ferdinánd hűtlenség címén elkobozta a várúr birtokait és Szigligetet az enyingi Török Bálintnak adományozta. A szigligeti várat azonban Kulcsár István porkoláb nem akarta szépszerével átadni Török Bálint megbízottjának, Martonfalvay Imre deáknak, aki csellel, egy puskalövés nélkül foglalta el a várat. Török Bálint Imre deákot tette a vár kapitányává, aki rövidesen hozzákezdett a „nagy puszta vár” javítgatásához, a tetőzet és a külső várfalak kiegészítéséhez. Építtetett egy új tornyot, több bástyát és pincéket, valamint egy kutat.

Martonfalvay Imre építkezései nyomán lényegében kialakult a szigligeti vár 16. századi alaprajza, Ez melyen a későbbi építkezések sem igen változtattak.

Ez időben gyakori volt a török támadás. A fonyódi, szigligeti vár kapitánya, Magyar Bálint végig legendásan viselkedett. Számos török támadásban helytállt és nem csak Fónyódot és Szigligeti várat védte, de megakadályozta Veszprémben és Tihanyban is, hogy a törökök kiterjesszék a hódoltsági terület határát.

Magyar Bálint halála után Szigliget és Fonyód visszakerült a Lengyel család kezére, azonban két év múlva, 1575 nyarán a törökök elfoglalták Fonyódot. Szigliget vára sem lehetett valami jó állapotban, mert Lengyel István részére a királyi kamara 1580-ban ismételten pénzt utal ki várának, Szigligetnek építéséhez.

Az 1613-ban, majd 1618-ban és 1622-ben elrendelték Szigliget, Keszthely és Csobánc várainak őrséggel való ellátását s a zsold kifizetését. 1606-ban Lengyel János a várkapitány. 1630 körül már Lengyel Boldizsár a várkapitány, 12 huszár, 25 gyalogos és 1 tüzér tartozik a vár őrségéhez, akiknek havi 125 forint zsold jár. A Lengyel-család anyagi ereje mindinkább növekedett, birtokai rendeződtek, s ez kapcsolatban állt az általános helyzettel, a török hatalom gyengülésével. Boldizsár idejében a várat erősítették, javították, amint egy, a 17. század dereka táján készített várkép, egy alaprajz és a várkaput egykor díszítő kőcímer bizonyít. Boldizsár után Gáspár lett a várkapitány. Saját költségén hajókat készíttetett, hogy a törökök Balaton felől jövő támadásait is megakadályozhassa. 1647-ben 400-500 embert kért a szigligeti kikötő kimetszésére, hogy a sajkáknak jó útjuk legyen. Zrínyi Miklós, Zala megye akkori főispánja 200 ember kiküldésére utasítást is adott. Szükség is volt ezekre a hajókra, mert a déli parton a török is rendelkezett hadi célokra szolgáló vízi járművekkel.

A vár hadászati jelentősége a török hatalom hanyatlásával mindinkább kisebbedett. A hódoltság megszűnése után az ország védelmében Szigligetnek már nem jut szerep. A vár későbbiekben a Lengyel-család birtokainak olyan része, melynek fenntartása igen költséges. Pusztulása a 17. század legvégén kezdődött: egy viharos napon villámcsapás következtében kigyulladt és nagyobb része leégett. Akkor pusztultak el a várra vonatkozó oklevelek, számadások és egyéb feljegyzések, melyeket ott őriztek. A pusztulást igen meggyorsította Lipót császár 1702-ben kiadott rendeletének végrehajtása: a császár az ország nyugalmára és nehéz anyagi helyzetére hivatkozva elrendelte a magyarországi várak legnagyobb részének tervszerű lerombolását.

Rákóczi szabadságharca idején a Dunántúlt megszálló kuruc seregek már nem is használják a várat, amely a vár használhatatlan állapotára enged következtetni. Köveit elhordják az újraépülő falu házainak építéséhez. A 18. század második felében a Lengyel-család egy kúriát építtet a vár alatt. A Szigligetet övező mocsaras területen, mely egykor nagyban hozzájárult a vár védelméhez, megkezdték a lecsapolási munkálatokat. Egy 1792-ben készített térkép már feltünteti a határban ásott csatornákat, a vár alá települt falu utcáit és házait. A gazdasági élet fellendülését a csatornázáson kívül a lakosság és az újonnan épített házak számának növekedése is mutatja. Közben tovább változtak Szigliget tulajdonosai. Lengyel Gáspár leányai révén a 19. század elején a Putheány és az Inkey család osztozkodott területén. Jobbágyaikat már 1844-ben felszabadították. Tőlük az Eszterházy család kezébe került Szigliget, akik a II. világháború végéig birtokosai is voltak a falunak. A főleg mezőgazdaságból élő település terjeszkedni kezdett, és lassan elérte mai kiterjedését. Kiépült a falu központja, a strand, a kikötő, és mára a falu fő profilja az idegenforgalom lett.